Благодаря процедуре аннотации генома в KEGG база данных GENES становится структурированной с точки зрения групп KO. Это облегчает обработку результатов поиска сходства последовательностей с базой данных GENES, которая заключается в простом назначении наиболее подходящих номеров K, что реализовано в автоматических службах аннотаций KAAS и недавно выпущенных BlastKOALA и GhostKOALA. BlastKOALA подходит для аннотирования полностью секвенированных геномов, а GhostKOALA, использующий GHOSTX и работающий в 100 раз быстрее, подходит для аннотирования больших наборов данных, таких как метагеномы. Оба присваивают номера K для запроса аминокислотных последовательностей и позволяют отображать KEGG для интерпретации функций высокого уровня. В BlastKOALA наиболее подходящие числа K определяются методом, аналогичным программе KOALA, используемой внутри компании для аннотирования организмов KEGG. В GhostKOALA только самые высокие баллы проверяются на присвоение номера K. Еще одной функцией GhostKOALA является присвоение таксономических композиций. Для этого набор данных пангенома для GhostKOALA дополняется последовательностями, выбранными из кластеров CD-HIT, добавляя последовательности без номеров K в каждом таксономическом ранге и вирусные последовательности, тем самым представляя разнообразие последовательностей базы данных GENES.

Категория дополнений представляет собой набор записей последовательностей белков, созданных вручную. На картах путей KEGG раньше были случаи, когда в организмах с помощью  KEGG не могли быть найдены соответствующие гены, были даны только связи с UniProt. Чтобы связать их с данными о последовательности и числами K, создаются записи в дополнении с использованием исходных данных о последовательности с номерами доступа к белкам Международной базы данных последовательностей нуклеотидов (INSDC). Кроме того, есть области, в которых создаются записи последовательностей. Одной из них является номенклатура ферментов. Еще одной областью внимания является устойчивость к противомикробным препаратам (УПП). УПП это значимая проблема  в лечении инфекционных заболеваний и осложнений. Традиционно в базе данных KEGG есть различное содержимое для инфекционных заболеваний и противомикробных препаратов, в том числе карты путей KEGG для инфекционных заболеваний, карты метаболических путей KEGG для биосинтеза антибиотиков, карты структуры лекарств KEGG для истории разработки противомикробных препаратов и записи KEGG DRUG для всех препаратов, используемые в настоящее время.

Внутренне группировка KO постоянно обновляется засчёт ручной проверки процедуры аннотации KOALA. Для сторонних пользователей основа группировки КО и ее соответствие молекулярной функции должны быть разъяснены экспериментальными данными. Таким образом, были предприняты серьезные усилия по аннотированию отдельных KO справочной информацией, сообщающей об экспериментах по функциональной характеристике генов и белков, и, когда это возможно, данными о последовательностях белков, использованными в экспериментах, например, представленными в INSDC (DDBJ/ENA/GenBank).